宫崎市定的正确日语名为“宫﨑市定”,由于“﨑”在日文印刷中十分不便,因而多以“崎”字代之。他生于日本长野县下水内郡秋津村(2009年改为饭山市)静间。早年毕业于秋津小学校和县立饭山中学校(即长野县饭山北高等学校的前身)。1919年入新开设松本高校(现在的信州大学)文科一类学习,同校的晚辈生有后来的著名东洋史学家曽我部静雄和仁井田升。1922年进入京都帝国大学文学部史学科学习,师从内藤湖南、桑原隲蔵、羽田亨、狩野直喜等人专攻东洋史。